موجب کاهش آنها در داخل رسوبات می‌شوند. باکتریهای احیا کننده سولفات مقداری از مواد آلی را استفاده می‌کنند و سبب ترسیب سولفیدهایی نظیر FeS2 می‌گردند. اگر رسوبات به اندازه کافی آهن و فلزات دیگر برای رسوب سولفیدها داشته باشند، در آنصورت بیشتر گوگردها در مواد آلی شرکت نخواهند کرد و سرانجام عیار مشتقات نفتی در چنین تشکیلات ، بالا خواهد رفت.
نقش H2S2O2 در ته‌نشست مواد آلی
بهم خوردگی حیات یا آشفتگی زیست ، نتایج تعجب‌آوری داشته ، انتقال اکسیژن ته آب را در رسوبات باعث می‌شود. اگر آبهای ته دریا راکد باشند (دارای مقدار کمی اکسیژن هستند)، در آنجا حیات بهم نخواهد خورد، ولی سمی که از (سولفید هیدروژن یا H2S ناشی می‌شود، سبب حفظ مواد آلی در رسوبات می‌گردد.



ساپروپل
در آبهای راکد ، رسوبگذاری با سرعت کمی انجام می‌گیرد و هر لایه رسوبی زمان طولانی را در بهم خوردگی حیات صرف کرده ، در نتیجه مواد آلی کمی در رسوب حفظ می‌گردد. پس سرعت رسوبگذاری برای حفظ بیشتر ته‌نشین های مواد آلی بهتر بوده ، سبب تشکیل سنگهای مادر خوب خواهد گردید.

قسمتهای عمیق دریا که دارای اکسیژن کمتر و سولفید هیدروژن بیشتری هستند، شرایط مناسبی را در بوجود آمدن مواد نفتی ایجاد می‌کنند در این قسمتها پس از پوشیده شدن عناصر توسط رسوبات و دور از اکسیژن و تحت فعالیتهای باکتریهای بی‌هوازی ، ترکیبات شیمیایی عناصر آلی تجزیه شده ، به ماده‌ای به نام ساپروپل تبدیل می‌گردند. ساپروپلهای متفاوت مربوط به اقیانوسها ، دریاهای آزاد تشکیل می‌شوند که در مراحل بعدی و در نتیجه تغییرات فیزیکوشیمیای از این پروپلها ترکیبات هیدروکربنی بوجود می‌آیند.
مهمترین عوامل تغییر دهنده ساپروپلها به نفت
بالا بودن درجه حرارت حدود (200 - 150) و فشار زیاد در تبدیل مواد آلی به نفت نقش خیلی زیادی دارند، به علاوه موادی چون مولیبدن ، وانادیوم یا کانیهای رسی بدون اینکه در فعل و انفعالات تجزیه مواد آلی و تبدیلشان به نفت مستقما شرکت داشته باشند، به عنوان کاتالیزور این عمل را تسریع می‌بخشد. همچنین وجود مواد رادیواکتیو مثل اورانیوم ، توریم ، پتاسیم در آبهای شور مخازن نفتی این موضوع را به اثبات می‌رساند که این مواد نیز در فعل و انفعالات تبدیل مواد آلی به نفت نقش ارزنده‌ای ایفا می‌کنند.



دیاژنز آغازین مواد آلی
تجزیه میکروبیولوژیکی مواد آلی توسط باکتریها و قارچها و پروتوزوآ و غیره صورت می‌گیرد که تحت شرایط اکسید کننده در تجزیه مواد آلی موجود در رسوبات بسیار موثرند. اکسیژن ممکن است تا عمق 20 - 5 سانتیمتری رسوبات دانه درشت (مثل ماسه) به‌سرعت نفوذ کند، ولی در خلل و فرج رسها گلهای دانه ریز به مقدار کمتر دیده می‌شوند. بنابراین خلل و فرج چنین رسوباتی به علت بسته شدن سریع آنها از اکسیژن فقیر می‌گردد.

تجزیه کننده‌های هوازی بر روی رسوبات دانه درشت نسبت به رسوبات دانه ریز تاثیر خیلی بیشتری دارند و باکتریهای غیر هوازی سبب تغییر شکل مواد آلی نظیر هیدراتهای کربن با زنجیره‌های کوتاه می‌گردند. سلولز ابتدا توسط قارچها و سرانجام توسط باکتریها تجزیه گردیده ، متان و دی‌اکسید کربن تشکیل می‌گردد.

بنابراین متان تنها فرآورده هیدروکربنی است که در حرارت کم ، توسط باکتریها در سطح رسوبات به هر مقداری تشکیل می‌شود. پس گازی که در اعماق کم لایه‌ها تشکیل می‌شود، در مرحله اول از متان می‌باشد (گاز خشک) و برعکس در عمقهای زیادتر از مقدار این نوع متان کاسته می‌شود. بطور کلی می‌توان گفت که دیاژنز عناصر آلی تقریبا یک پدیده بیوشیمیایی بوده ، در نتیجه فعالیت باکتریها و عمل تخمیر در محیط گازهای متان ، آب CO2و کروژنها بوجود می‌آیند